di Giuseppe Striccoli

biochimica

La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol

La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol

Qui di seguito vederemo la struttura di alcune molecole biochimiche importanti ed energetiche fondamentali nel metabolismo: ATP, AcetiCoeA, acido piruvico, NAD+, NADH. In un articolo precedente in questo blog abbiamo esaminato la struttura del glucosio nei vari isomeri (forma lineare, anomero alfa e anomero beta), […]

ENZIMI: Inibizione da prodotto e inibizione da substrato

ENZIMI: Inibizione da prodotto e inibizione da substrato

Tra i tipi di inibizione oservati ci sono due tipi particolari di inibizione: da prodotto e da reagente in eccesso. Esaminiamo il primo tipo di inibizione da prodotto.

La struttura della DNA Polimerasi in JSMol

La struttura della DNA Polimerasi in JSMol

Le DNA polimeasi sono una classe specializzata di enzimi transferasi che catalizzano l’estensione, dipendente da uno stampo, di un filamento di DNA idoneo a partire da desossinucleosidi trifosfato. In questa visualizzazione si presenta il dominio della isonucleasi e la caratteristica topologia del dominio costituito da […]

La struttura delle Amilasi in JSmol

La struttura delle Amilasi in JSmol

Moltissimi tipi di organismi possono digerire l’amido, cosicchè le alfa amilasi sono prodotte largamente in natura, al contrario delle cellulasi. Per esempio nella saliva e nel pancreas sono presenti larghe quantità di alfa amilasi per digerire l’amido. Quale legame esse possano attaccare dipende dall’origine dell’amilasi. […]

GLICOLISI: L’enzima Piruvato chinasi in JSMol

GLICOLISI: L’enzima Piruvato chinasi in JSMol

La Piruvato Chinasi (PK) è l’enzima che catalizza l’ultimo stadio della glicolisi generando una seconda molecola di ATP e lo ione piruvato mediante un trasferimento di un gruppo fosfato dal PEP all’ADP. La proteina che qui presentiamo è quella umana delle cellule dei globuli rossi, […]

Struttura della fosfofruttochinasi e ruolo nella glicolisi in JSmol

Struttura della fosfofruttochinasi e ruolo nella glicolisi in JSmol

La fosfofruttochinasi è un enzima della glicolisi che catalizza il trasferimento di un gruppo fosfato dall’ATP al Fruttosio 6 Fosfato (F6P) a generare ADP e Fruttosio 1-6 di fosfato (FBP). La reazione è fortemente esoergonica sotto le condizioni fisiologiche e quindi è una degli stadi […]

Lo Zimogeno della chimotripsina in Jsmol

Lo Zimogeno della chimotripsina in Jsmol

Molti enzimi vengono sintetizzati in una loro forma inattiva chiamata Zimogeno dal quale viene poi liberato l’enzima vero e proprio quando esso deve operare. Esempi sono la tripsina, la chimotripsina e la elastasi che lavorano per spezzare le proteine durante la digestione. La tripsina lavora […]

Struttura quaternaria dell’emoglobina

Struttura quaternaria dell’emoglobina

Qui presentiamo la struttura dell’emoglobina, una proteina di trasporto di tipo oligomerico, con struttura quaternaria, formata da quattro subunità di due tipi differenti, alfa e beta. La forma che qui presentiamo è nella forma di deoxiemoglobina, priva di Ossigeno. La sua struttura è tutta di […]

Struttura terziaria delle proteine: i Domini

Struttura terziaria delle proteine: i Domini

In questo articolo mostriamo alcuni tipi di domini e le proteine dove sono presenti. Essi formano la struttura terziaria che può essere composta da uno o più di essi. Nel primo esempio troviamo il monomero dell’enzima allosterico della piruvato chinasi del muscolo del gatto.

Struttura terziaria delle proteine in JSmol

Struttura terziaria delle proteine in JSmol

La struttura terziaria di una proteina è, come si è detto, la sua organizzazione complessiva nello spazio che ci permette di conoscere le coordinate di ogni singolo atomo. Può essere composta da uno o più domini che rappresentano un’organizzazione di più secondarie con una specifica […]

Struttura secondaria beta a pieghe delle proteine in JSmol

Struttura secondaria beta a pieghe delle proteine in JSmol

La struttura secondaria di una proteina è, come si è detto, la sua organizzazione locale in una sequenza di amminoacidi. La seconda struttura analizzata è detta beta a pieghe,in cui i legami ad Idrogeno si formano tra due porzioni della struttura primaria della proteina che […]

Strutture secondarie delle proteine: alfa eliche destrose in JSmol

Strutture secondarie delle proteine: alfa eliche destrose in JSmol

La struttura secondaria delle proteine è, come si è detto, la sua organizzazione locale in una sequenza di amminoacidi. La prima struttura analizzata è detta alfa elica, la struttura più presente nelle proteine, che si forma in seguito a dei parametri degli angoli di psi […]

I livelli delle strutture tridimensionali delle Proteine in JSmol

I livelli delle strutture tridimensionali delle Proteine in JSmol

Le funzioni che assume una proteina possono essere comprese solo a partire dalla sua struttura e dalla sua complessità. Sono state determinate le strutture tridimensionali di molte proteine e sono stati desunti alcuni principi generali. La struttura di una proteina ha vari livelli. Struttura primaria, […]

Gli amminoacidi classificazione e struttura in JSmol

Gli amminoacidi classificazione e struttura in JSmol

Le proteine sono polimeri degli alfa amminoacidi che hanno un gruppo amminico sul carbonio in posizione alfa al gruppo carbossilico e su cui è presente una catena laterale R, come nella figura. In natura nelle proteine esisono 20 differenti tipi di ammino-acidi che tra loro […]

Il doppio strato lipidico e Liposomi

Il doppio strato lipidico e Liposomi

Il Doppio strato lipidico (anche detto liposoma) si forma quando delle molecole anfipatiche a doppia catena( es. fosfolipidi) si trovano a contatto con l’acqua. La ragione fondamentale è, come già detto, di natura entropica. Il contatto tra code polari e l’acqua costringerebbe quest’ultima ad un […]

LIPIDI: Alcuni acidi grassi in JSmol

LIPIDI: Alcuni acidi grassi in JSmol

Gli acidi grassi sono acidi carbossilici di origine naturale con alcune particolarità strutturali. Hanno in generale una catena di atomi di carbonio di numero pari, tranne alcune eccezioni (acido undecanoico, e pochi altri). Quando gli acidi grassi sono insaturi, hanno doppi legami isolati solo di […]

Gliceraldeide, Glucosio, Fruttosio

Gliceraldeide, Glucosio, Fruttosio

Il glucosio è uno zucchero aldoesoso, cioè possiede sei atomi di C ed una funzione aldeidica. Il nome completo è D(+)glucosio, se si trova nella forma aperta. Si considera chimicamente derivato dalla D(+) gliceraldeide quando si fa crescere la catena a partire dal gruppo aldeidico. […]

Struttura dell’amido

Struttura dell’amido

L’amido è uno dei carboidrati di riserva per molte piante a tubero e nell’endosperma dei semi nei quali si trova in granuli. E’ composto di due polimeri, amilosio e amilopectine in proporzione del 20-30% e del 70-80% in genere. Da un punto di vista strutturale […]

I disaccaridi in JSmol

I disaccaridi in JSmol

I disaccaridi che consideriamo sono maltosio, cellobiosio, saccarosio e lattosio. Tutti tranne il cellobiosio sono dimeri in cui è presente l’anomero alfa D + glucosio. Nel cellobiosio è presente l’anomero beta, termodinamicamente più stabile. Il cellobiosio, quando polimerizza, dà orogine alla cellulosa. Il lattosio è […]

Gli anomeri del Glucosio e Fruttosio

Gli anomeri del Glucosio e Fruttosio

La struttura presentata sotto è la struttura lineare del D (+)Glucosio nella sua forma aldeidica. Quando è posta in acqua, essa dà luogo ad un equilibrio emiacetalico formando una coppia di diasteroisomeri, detti anomeri alfa e beta. I centri di reazione sono l’OH in viola […]