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di Giuseppe Striccoli

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Alleni: Isomeria ottica senza centro stereogeno

Alleni: Isomeria ottica senza centro stereogeno

Il fenomeno della chiralità, cioè della non sovrapponibilità di molecole (o oggetti) che siano tra loro immagini speculari, non è confinato al caso del Carbonio Asimmetrico, ad un centro stereogeno, cioè di un carbonio legato a quattro gruppi o atomi differenti. Sappiamo che talvolta si […]

Esochinasi, un esempio di adattamento indotto

Esochinasi, un esempio di adattamento indotto

L'esochinasi è un enzima che catalizza la fosforilazione degli esosi a formare il derivato fosfato in posizione 6. Il glucosio forma il Glucosio-6-fosfato (G6P). Lo si ritrova in ogni tipo di cellula e microrganismo dai batteri ai lieviti agli esseri umani. Il glucosio è il […]

Le Basi azotate degli acidi nucleici in JSmol

Le Basi azotate degli acidi nucleici in JSmol

Le basi azotate rinvenibili negli acidi nucleici sono cinque: citosina, guanina, timina, adenida e uracile. A e G sono basi puriniche, mentre C e T sono basi pirimidiniche. L’uracile sostituisce la timina ne RNA, mentre i primi e quattro si trovano nel DNA. Esse sono […]

L’enzima Citrato Sintasi con sito catalitico in JSmol

L’enzima Citrato Sintasi con sito catalitico in JSmol

Qui è visualizzata la citrato sintetasi estratta dal Thermus Thermophilus, a cui sono legati l’acido citrico e il Coenzima A che sono i primi prodotti del ciclo di Krebs. L’acido citrico si forma per azione dell’acetilcoenzima A che è entrato carbonile sull’acido ossalacetico. L’energia libera […]

Orbitali ibridi di un atomo del secondo periodo

Orbitali ibridi di un atomo del secondo periodo

In questa pagina saranno visualizzati gli orbitali ibridi in un atomo del secondo periodo della tavola periodica come per esempio il C e l’N. Il lavoro originale è di Jonatan Gutow. Gli orbitali ibridi sono il risultato di un modello che combina gli orbitali atomici […]

Effetto Mesomerico e risonanza  in JSmol

Effetto Mesomerico e risonanza in JSmol

L’effetto mesomerico o risonanza è uno dei comuni strumenti di discussione e di compresione in Chimica Organica di strutture complesse, in sistemi che contengono legami Pgreca. Per una sua comprensione si rimanda ad un ottimo sito, Chimica Organica Virtuale, mentre qui esaminiamo gli aspetti orbitalici […]

ALDEIDI E CHETONI: Tautomeria e Catalisi acida in JSmol

ALDEIDI E CHETONI: Tautomeria e Catalisi acida in JSmol

Dopo aver visto in un post precedente la struttura dello ione enolato, vediamo la tautomeria chetoenolica applicata al ciclopentanone con il meccanismo della catalisi acida. La formazione dell’enolo, infatti, può essere catalizzata sia in ambiente basico, con conseguente formazione di un carboanione, oppure in presenza […]

ALCHENI: Bromurazione del doppio legame in JSmol

ALCHENI: Bromurazione del doppio legame in JSmol

Mentre in un post precedente abbiamo descritto la struttura degli alcheni, con riguardo particolare all’etilene, al butene ed al butadiene ora esamineremo la bromurazione, uno dei meccanismi di reazione tipici degli alcheni: l’addizione di Bromo al doppio legame facendone vedere il meccansimo proposto e discutendo […]

Enzima ALCOLDEIDROGENASI, ADH, JSmol

Enzima ALCOLDEIDROGENASI, ADH, JSmol

L’alcol deidrogenasi (ADH) o aldeide ridottasi, è un enzima ritrovato in tantissime specie differenti che vanno dall’Escherichia Coli all’orso bruno, dal Saccaromyces cerevisiae all’ Homo Sapiens. Fa parte degli enzimi definiti come Ossidoriduttasi che utilizza lo stesso meccanismo di base per formare aldeidi e chetoni […]

La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol

La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol

Qui di seguito vederemo la struttura di alcune molecole biochimiche importanti ed energetiche fondamentali nel metabolismo: ATP, AcetiCoeA, acido piruvico, NAD+, NADH. In un articolo precedente in questo blog abbiamo esaminato la struttura del glucosio nei vari isomeri (forma lineare, anomero alfa e anomero beta), […]

La Tautomeria cheto enolica: lo ione enolato JSMol

La Tautomeria cheto enolica: lo ione enolato JSMol

Studieremo la struttura dello ione enolato. Tra le reazioni caratteristiche delle aldeidi e dei chetoni, vi è la tautomeria chetoenolica. Possono esibire questa reazione quei composti carbonilici che hanno un H in alfa al carbonile. Una delle molecole possibili è l’etanale.

Superfici ed orbitali molecolari dei reattivi di Grignard in JSMol

Superfici ed orbitali molecolari dei reattivi di Grignard in JSMol

I composti di Grignard fanno parte della classe di reagenti metallo organici, derivati per reazione, in ambiente anidro e privo di CO2, del Mg metallico con alogenuri alchilici e arilici. Sono molto utili per formare legami Carbonio Carbonio. Si preparano in genere in etere anidro, […]

Azoto e Ossigeno: orbitali molecolari (JSmol)

Azoto e Ossigeno: orbitali molecolari (JSmol)

Presentiamo qui il quadro degli orbitali molecolari costruito in Jmol per l’Ossigeno e l’Azoto, con relative superfici elettrostatiche molecolari.

La struttura della DNA Polimerasi in JSMol

La struttura della DNA Polimerasi in JSMol

Le DNA polimeasi sono una classe specializzata di enzimi transferasi che catalizzano l’estensione, dipendente da uno stampo, di un filamento di DNA idoneo a partire da desossinucleosidi trifosfato. In questa visualizzazione si presenta il dominio della isonucleasi e la caratteristica topologia del dominio costituito da […]

GLICOLISI: L’enzima Piruvato chinasi in JSMol

GLICOLISI: L’enzima Piruvato chinasi in JSMol

La Piruvato Chinasi (PK) è l’enzima che catalizza l’ultimo stadio della glicolisi generando una seconda molecola di ATP e lo ione piruvato mediante un trasferimento di un gruppo fosfato dal PEP all’ADP. La proteina che qui presentiamo è quella umana delle cellule dei globuli rossi, […]

Acetato di etile: orbitali molecolari e superfici molecolari in JSmol

Acetato di etile: orbitali molecolari e superfici molecolari in JSmol

Le strutture che qui esaminiamo sono tre e sono relative agli acidi carbossilici e derivati: l’acido acetico, la formammide, l’acetato di etile. I files con gli orbitali molecolari sono lavori originali del sito ChemMagic. Di queste quattro molecole saranno visualizzate le superfici elettrostatiche, MEP, sulla […]

ISOMERIA OTTICA: Vitamina C in JSmol

ISOMERIA OTTICA: Vitamina C in JSmol

L’acido ascorbico esiste in due forme enantiomere ma solo una di esse, l’enantiomero (5R)-5-[(1S)-1,2-diidrossietil]-3,4-diidrossifurano-2(5H)-one, è la vitamina C. È un composto molto idrosolubile, spiccatamente acido, che si presenta sotto forma di cristalli inodori ed insapori con pH circa 2,5 e rotazione ottica specifica di circa […]

ISOMERIA OTTICA: Odori e profumi degli isomeri del Mentolo

ISOMERIA OTTICA: Odori e profumi degli isomeri del Mentolo

Il mentolo fu scoperto più di duemila anni fa in Giappone, nonostante la menta piperita, da cui è ottenuto, venisse già usata nell’antichità come erba medicinale da Egizi, Greci e Romani. In Occidente, il mentolo non è stato isolato fino al 1771, per opera di […]

Alcune molecole chirali: Ibuprofene

Alcune molecole chirali: Ibuprofene

Qui sono presentate alcune molecole chirali importanti nella vita quotidiana, medicinali, profumi, amminoacidi, zuccheri e tanto altro ancora. Per ogni molecola si identifichi il C asimmetrico (o anche i Carboni asimmetrici) e si provi ad assegnare la configurazione assoluta secondo le regole di Cahn, Prelog […]

ALDEIDI E CHETONI: addizione nucleofila acilica in JSmol

ALDEIDI E CHETONI: addizione nucleofila acilica in JSmol

Da quanto osservato in un precedente articolo qui postato, un comportamento chimico tipico del gruppo carbonilico è quello di dare reazioni di addizione nucleofila acilica, secondo due meccanismi distinti. Il primo prevede l’attacco di nucleofili forti,come i reattivi di Grignard, gli acetiluri o i carbanioni […]