JSmol è l’applicazione Javascript OpenSouce del visualizzatore di molecole Jmol che richiede JAVA.
Gira come applicativo di HTML5 nei principali web browser come Firefox, Chrome, Opera, Safari, MSIE(9+), su Ipad e Iphone.
Permette di visualizzare molecole, orbitali e mappe molecolari, strutture di proteine, enzimmi e tanto altro ancora in vari formati permettendo anche una grande operabilità sulla molecola stessa.
E’ possibile visualizzare angoli e lunghezze di legami, angoli di torsione, operatori di simmetria
In questa pagina saranno visualizzati gli orbitali ibridi in un atomo del secondo periodo della tavola periodica come per esempio il C e l’N. Il lavoro originale è di Jonatan Gutow. Gli orbitali ibridi sono il risultato di un modello che combina gli orbitali atomici di un singolo atomo in… Read More »Orbitali ibridi di un atomo del secondo periodo della tavola periodica
VSEPR, acronimo di Repulsione dei Doppietti elettronici del Guscio di Valenza, si basa sull’assunzione che a determinare il comportamento chimico siano solo gli elettroni più esterni. La Teoria del VSEPR è essenzialmente una variante della legge di Coulomb, secondo la quale cariche elettriche di segno opposto si respingono. Per rendere… Read More »VSEPR: Le strutture molecolari in 3D con JSmol
I Galaxolidi sono dei muschi sintetici del gruppo dei policiclici, tipico muschio bianco , dall’odore di pulito, muschioso-floreale-legnoso con nuances dolci e polverose. Largamente usato ad una concentrazione fino al 40%, soprattutto negli ammorbidenti e detergenti per il bucato, ma anche nei profumi. Trésor di Lancome , che è caratterizzato… Read More »I Galaxolidi ed odori in JSmol
L’effetto mesomerico o la risonanza è uno dei comuni strumenti di discussione e di comprensione in Chimica Organica di strutture complesse, in sistemi che contengono legami Pgreca. Per una sua comprensione si rimanda ad un ottimo sito, Chimica Organica Virtuale, mentre qui esaminiamo gli aspetti orbitalici di alcune strutture in… Read More »Effetto Mesomerico e risonanza in JSmol
Il carbocatione è una specie reattiva che possiede una carica positiva su un Carbonio organico. E’ ibridizzato sp2 ed ha una vacanza di elettroni sull’orbitale 2p non ibridizzato. Si genera per esempio nelle addizioni elettrofile agli alcheni per aggiunta di un acido forte che può donare un H+. Si può… Read More »Struttura dei carbocationi in JSmol
Dopo aver visto in un post precedente la struttura dello ione enolato, vediamo la tautomeria chetoenolica applicata al ciclopentanone con il meccanismo della catalisi acida.
La formazione dell’enolo, infatti, può essere catalizzata sia in ambiente basico, con conseguente formazione di un carboanione, oppure in presenza di una catalisi acida. L’enolo può evolvere dando una condensazione aldolica.
Inoltre il fenomeno della tautomeria non è solo confinato alle aldeidi e chetoni che hanno idrogeni in alfa, ma anche ad altri composti come i derivati idrossilici della piridina. Per la struttura della piridina uscirà al più presto un altro post dedicato con la struttura degli orbitali molecolari e alla tautomeria chetoenolica in questi composti.Read More »ALDEIDI E CHETONI: Tautomeria e Catalisi acida in JSmol
Mentre in un post precedente abbiamo descritto la struttura degli alcheni, con riguardo particolare all’etilene, al butene ed al butadiene ora esamineremo la bromurazione, uno dei meccanismi di reazione tipici degli alcheni: l’addizione di Bromo al doppio legame facendone vedere il meccansimo proposto e discutendo brevemente la diposzione degli orbitali… Read More »ALCHENI: Bromurazione del doppio legame in JSmol
L’alcol deidrogenasi (ADH) o aldeide ridottasi, è un enzima ritrovato in tantissime specie differenti che vanno dall’Escherichia Coli all’orso bruno, dal Saccaromyces cerevisiae all’ Homo Sapiens. Fa parte degli enzimi definiti come Ossidoriduttasi che utilizza lo stesso meccanismo di base per formare aldeidi e chetoni da un alcol. ADH è… Read More »Enzima ALCOLDEIDROGENASI, ADH, JSmol
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