I livelli delle strutture tridimensionali delle Proteine in JSmol

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Le funzioni che assume una strutture tridimensionaliproteina possono essere comprese solo a partire dalla sua struttura e dalla sua complessità.
Sono state determinate le strutture tridimensionali di molte proteine e sono stati desunti alcuni principi generali.
La struttura di una proteina ha vari livelli. Struttura primaria, struttura scondaria e supersecondaria, struttura terziaria, struttura quaternaria.emoglobina

Struttura primaria è la sequenza di amminoacidi delle sue catene peptidiche. Ogni proteina ha una sequenza unica. Qui di seguito è illustrata la sequenza degli amminoacidi dell’insulina umana. I legami sono di tipo covalente ammidico. Possono essere presenti legami a disolfuro.

Struttura secondaria è l’arrangiamento spaziale che una sequenza di vari amminoacidi assume localmente. L’organizzazione sempre locale di strutture secondarie è chiamata Supersecondaria. Il tipo di legami qui coinvolti sono legami ad Idrogeno, legami di Van Der Walls e effetti idrofobici.
Struttura terziaria è la forma che l’intero peptide assume nello spazio con la formazione di legami ad H, ionici con il solvente acquoso, e con la formazione di legami di Van Der Walls ed effetti idrofobici all’interno della struttura terziaria.
Struttura quaternaria è la struttura nello spazio di proteine composte di due o più catene polipeptidiche denominate subunità. Questa struttura spiega la proprietà dell’allosteria, la modulazione degli enzimi ed altre proprietà. La proteina nella figura è formata da quattro subunità di tipo alfa e beta, associate con un gruppo prostetico Eme. E’ l’emoglobina label %m%r;color blue

Strutture tridimensionali delle Proteine in Jmol
Qui visualizzaiamo le strutture secondarie, terziarie e quaternarie. In un’altra pagina entriamo nei dettagli delle strutture.
Subunità dell’emoglobina umana.
Rappresenta una struttura secondaria, al cui interno sono presenti tre tipi di secondarie
E’ stata selezionata una alfa elica. Ruotare la molecola per vederla meglio. Sono 19 amminoacidi adiacenti.. Questa subunità è formata essenzialmente da alfa eliche.
In quest’altra proteina, la ribonucleasi bovina A, troviamo le altre strutture secondarie.. Le strutture alfa eliche sono in porpora, in giallo le beta a pieghe, in bianco sono i gomiti. Possiamo ora visualizzare i legami ad Idrogeno presenti.
Alfa elica ALFA ELICHE
Beta a Pieghe BETA A PIEGHE
Gomiti (random coil)