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Lo Zimogeno della chimotripsina in Jsmol

zimogeno

zimogenoMolti enzimi vengono sintetizzati in una loro forma inattiva chiamata Zimogeno dal quale viene poi liberato l’enzima vero e proprio quando esso deve operare. Esempi sono la tripsina, la chimotripsina e la elastasi che lavorano per spezzare le proteine durante la digestione. La tripsina lavora sui residui vicino alla lisina e arginina; la chimotripsina vicono alla fenil alanina ed altri amminoacidi grandi; la elastasi con altri piccoli amminoacidi come la alanina.
Tutti questi enzimi sono detti Enzimi Serinici, in quanto nel loro sito attivo la serina è un ammino acido chiave.
Sono enzimi molto stabili e si trovano nei succhi gastrici dove compiono la digestione delle proteine.  La tripsina presenta un avvolgimento extra davanti al sito attivo è denominato tripsinogeno e non può fare l’idrolisi del legame peptidico. Nell’intestino un altro enzima taglia questo pezzo e la tripsina comincia il suo lavoro.
La chimotripsina oltre ad essere utile e fondamentale nella digestione è anche importante nella coagulazione del sangue (trombina), per il virus del AIDS con la sua Proteasi virale e per tanti altri processi.
La chimotripsina taglia il legame peptidico dove le catene laterali sono aromatiche, come tirosina, fenil alanina e triptofano.

L’enzima che presentiamo sotto è una chimotripsina il cui sito attivo serinico è stato inibito da una molecola N-acetil-L-leucina-L-fenilalanina trifuorometilchetone.


Come si può capire da questa prima visualizzazione sono presenti nella Chimotripsina tre catene: la F in azzurro, la G in giallo e la E in rosa.
Al centro si può notare la molecola dell’inibitore LPF dentro al sito attivo.

All’interno della struttura sono presenti 5
Alcuni dei legami a S-S sono Legami a disolfuro tra catene. , mentre altri legami a disolfuro sono
LA Triade Catalitica si basa sull’attività della serina.
Si punti col mouse su ogni unità visibile e si identifichino gli amminoacidi facenti parte della triade “His 57”, “Ser 195”; “asp 102”.
In quest’altra visualizzazione si può notare come l’Ossigeno della serina dello zimogeno riesca a distorcere la struttura del Carbonile del chetone dalla fino a fargli assumere una struttura prossima alla tetraedrica. La reazione non può andare avanti in quanto questo è un chetone e non un gruppo acido o derivato.

con la Triade Catalitica in modalità volumi di vanderwalls


Per approfondire questo argomento si possono andare qui e qui