ACIDI NUCLEICI: tRNA e il suo enzima in JSmol

trnatRNA, oppure transferRNA, è un RNA stabile e strutturato presente in tutte le cellule viventi. Partecipa al processo della traduzione della proteina nel ribosoma.

Ogni tRNA porta uno specifico amminoacido esterificato sulla posizione 3′ del suo braccio accettore , e porta una sequenza di tre basi codificante l’amminoacido (anticodone) che fa la coppia con la tripletta nel mRNA chiamato codone. Le cellule hanno tutti tRNA dei 20 amminoacidi essenziali con gli anticodoni che possono accoppiarsi con i 61 codoni che codificano il “senso”. La sua struttura si è conservata nell’evoluzione e assume una forma ad L, con l’accettore ad una estremità e l’anticodone all’altra. La proteina che permette di legare al tRNA l’amminoacido codificato è una Amminoacil tRNA sintetasi che presentiamo di seguito.

Gli errori nella produzione delle proteine possono avvenire alle due estremità del tRNA. Generalmente si verifica un errore ogni 10 mila molecole di tRNA per un amminoacido legato al tRNA errato. Un altro errore può capitare nell’accoppiamento codone anticodone con uno spostamento tra le basi e questo avviene ogni 500, Questo però porta ad un aborto della sintesi proteica.

Lo script che segue mostra la struttura della fenilalanina tRNA di un lievito, Si possono notare alcuni atomi di Magnesio ed un atomo di Mn.

dove si lega la fenilalanina. In quest’altro punto si trova l’anticodone che codifica la fenialanina.

Questa è la tRNA sintetasi della glutammina legata al proprio transfer.Si noti come la base che fa il legame si trovi sepolta nel sito attivo dell’enzima. Vicino ad essa una molecola di AMP che risulta dall’idrolisi dell’ATP in AMP. In verde in spacefill è il tRNA.