Il Menu di JSmol

marchio JmolQui di seguito introduciamo l’uso del Mouse con l’applet di JSmol e vedere quali informazioni si possono ricavare sulla molecola.Questa applet ci permette di manipolare una struttura molecolare, ruotandola, traslandola, ingrandendola per vedere dei particolari oppur riducendone l dimensioni. Ci permette di misurar distanze tra atomi e/o gruppi di atomi, di misurare angoli di legame, di misurare angoli di torsione tra atomi o raggruppamenti di atomi.

Caratteristiche del mouse*
bottone sinistro
bottone di mezzo
bottone destro
Apri  menu Jmol
Ctrl + click
oppure click sul ‘Jmol’ logo
click
ruota attorno X,Y tira
trasla lungo gli assi
Shift + doppio-click and tira doppio click e tira Ctrl + tira
Ruota attorno a Z Shift + tira orizzontalmente tira  orizzontalmente tira  orizzontalmente
Zoom Shift + tira verticalmente tira verticalmente
oppure rotella del mouse
Resetta e centra Shift e doppio click
Resetta e centra doppio-click

Come fare le misure

  • Distanza (2 atomi):
    1. doppio-click sul 1° atomo
    2. per vedere la distanza doppio-click sul secondo atomo
  • Angolo (3 atomi):
    1. doppio-click sul 1° atomo
    2. click sul secondo atomo (atomo al centro nell’angolo)
    3. per vedere la misura doppio-click sul terzo atomo
  • Angolo di Torsione (4 atomi)
    1. doppio-click sul 1° atomo
    2. click sul secondo atomo
    3. click sul terzo atomo
    4. per vedere la misura doppio-click sul quarto atomo
  • In tutti i casi:
    • muovere il puntatore sull’atomo di destinazione per vedere la misura senza lasciare la misura permanentemente sullo schermo
    • Spostare il mouse la finesta per cancellare la misura
    • per cancellare le misure rifare le stesse operazioni della misura

Per visualizzare l’atomo associato ad un dato colore si può vedere questa tavola periodica, oppure basta passare il mmouse sull’atomo che appare un’indicazione dell’atomo coinvolto e della sua posizione nella molecola e di altre informazioni collegate

Lavori originali R. Spinney e Angel Herraez

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