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di Giuseppe Striccoli

Tag: biochimica

ACIDI NUCLEICI: Struttura del DNA ora in JSmol

ACIDI NUCLEICI: Struttura del DNA ora in JSmol

 Il DNA è l’acido nucleico che codifica le informazioni riguardanti la sintesi delle proteine e degli acidi nucleici necessari alla loro sintesi, mRNA e tRNA. Chimicamente è un polimero formato da Quattro NUCLEOTIDI. Ogni nucleotide è formato da uno zucchero, il 2-Desossiribosio, zucchero a cinque […]

ACIDI NUCLEICI: tRNA, transfer RNA ed il suo enzima

ACIDI NUCLEICI: tRNA, transfer RNA ed il suo enzima

tRNA, oppure transferRNA, è un RNA stabile e strutturato presente in tutte le cellule viventi. Partecipa al processo della traduzione della proteina nel ribosoma.

L’enzima Citrato Sintasi con sito catalitico in JSmol

L’enzima Citrato Sintasi con sito catalitico in JSmol

Qui è visualizzata la citrato sintetasi estratta dal Thermus Thermophilus, a cui sono legati l’acido citrico e il Coenzima A che sono i primi prodotti del ciclo di Krebs. L’acido citrico si forma per azione dell’acetilcoenzima A che è entrato carbonile sull’acido ossalacetico. L’energia libera […]

Enzima ALCOLDEIDROGENASI, ADH, JSmol

Enzima ALCOLDEIDROGENASI, ADH, JSmol

L’alcol deidrogenasi (ADH) o aldeide ridottasi, è un enzima ritrovato in tantissime specie differenti che vanno dall’Escherichia Coli all’orso bruno, dal Saccaromyces cerevisiae all’ Homo Sapiens. Fa parte degli enzimi definiti come Ossidoriduttasi che utilizza lo stesso meccanismo di base per formare aldeidi e chetoni […]

La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol

La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol

Qui di seguito vederemo la struttura di alcune molecole biochimiche importanti ed energetiche fondamentali nel metabolismo: ATP, AcetiCoeA, acido piruvico, NAD+, NADH. In un articolo precedente in questo blog abbiamo esaminato la struttura del glucosio nei vari isomeri (forma lineare, anomero alfa e anomero beta), […]

ENZIMI: Inibizione da prodotto e inibizione da substrato

ENZIMI: Inibizione da prodotto e inibizione da substrato

Tra i tipi di inibizione oservati ci sono due tipi particolari di inibizione: da prodotto e da reagente in eccesso. Esaminiamo il primo tipo di inibizione da prodotto.

GLICOLISI: L’enzima Piruvato chinasi in JSMol

GLICOLISI: L’enzima Piruvato chinasi in JSMol

La Piruvato Chinasi (PK) è l’enzima che catalizza l’ultimo stadio della glicolisi generando una seconda molecola di ATP e lo ione piruvato mediante un trasferimento di un gruppo fosfato dal PEP all’ADP. La proteina che qui presentiamo è quella umana delle cellule dei globuli rossi, […]

Struttura della fosfofruttochinasi e ruolo nella glicolisi in JSmol

Struttura della fosfofruttochinasi e ruolo nella glicolisi in JSmol

La fosfofruttochinasi è un enzima della glicolisi che catalizza il trasferimento di un gruppo fosfato dall’ATP al Fruttosio 6 Fosfato (F6P) a generare ADP e Fruttosio 1-6 di fosfato (FBP). La reazione è fortemente esoergonica sotto le condizioni fisiologiche e quindi è una degli stadi […]

Gli amminoacidi classificazione e struttura in JSmol

Gli amminoacidi classificazione e struttura in JSmol

Le proteine sono polimeri degli alfa amminoacidi che hanno un gruppo amminico sul carbonio in posizione alfa al gruppo carbossilico e su cui è presente una catena laterale R, come nella figura. In natura nelle proteine esisono 20 differenti tipi di ammino-acidi che tra loro […]

LIPIDI: Alcuni acidi grassi in JSmol

LIPIDI: Alcuni acidi grassi in JSmol

Gli acidi grassi sono acidi carbossilici di origine naturale con alcune particolarità strutturali. Hanno in generale una catena di atomi di carbonio di numero pari, tranne alcune eccezioni (acido undecanoico, e pochi altri). Quando gli acidi grassi sono insaturi, hanno doppi legami isolati solo di […]