Crea sito

di Giuseppe Striccoli

Tag: Jmol

Effetto Mesomerico e risonanza  in JSmol

Effetto Mesomerico e risonanza in JSmol

L’effetto mesomerico o risonanza è uno dei comuni strumenti di discussione e di compresione in Chimica Organica di strutture complesse, in sistemi che contengono legami Pgreca. Per una sua comprensione si rimanda ad un ottimo sito, Chimica Organica Virtuale, mentre qui esaminiamo gli aspetti orbitalici […]

ALCHENI: Bromurazione del doppio legame in JSmol

ALCHENI: Bromurazione del doppio legame in JSmol

Mentre in un post precedente abbiamo descritto la struttura degli alcheni, con riguardo particolare all’etilene, al butene ed al butadiene ora esamineremo la bromurazione, uno dei meccanismi di reazione tipici degli alcheni: l’addizione di Bromo al doppio legame facendone vedere il meccansimo proposto e discutendo […]

La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol

La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol

Qui di seguito vederemo la struttura di alcune molecole biochimiche importanti ed energetiche fondamentali nel metabolismo: ATP, AcetiCoeA, acido piruvico, NAD+, NADH. In un articolo precedente in questo blog abbiamo esaminato la struttura del glucosio nei vari isomeri (forma lineare, anomero alfa e anomero beta), […]

La Tautomeria cheto enolica: lo ione enolato JSMol

La Tautomeria cheto enolica: lo ione enolato JSMol

Studieremo la struttura dello ione enolato. Tra le reazioni caratteristiche delle aldeidi e dei chetoni, vi è la tautomeria chetoenolica. Possono esibire questa reazione quei composti carbonilici che hanno un H in alfa al carbonile. Una delle molecole possibili è l’etanale.

Azoto e Ossigeno: orbitali molecolari (JSmol)

Azoto e Ossigeno: orbitali molecolari (JSmol)

Presentiamo qui il quadro degli orbitali molecolari costruito in Jmol per l’Ossigeno e l’Azoto, con relative superfici elettrostatiche molecolari.

La struttura della DNA Polimerasi in JSMol

La struttura della DNA Polimerasi in JSMol

Le DNA polimeasi sono una classe specializzata di enzimi transferasi che catalizzano l’estensione, dipendente da uno stampo, di un filamento di DNA idoneo a partire da desossinucleosidi trifosfato. In questa visualizzazione si presenta il dominio della isonucleasi e la caratteristica topologia del dominio costituito da […]

Superfici ed orbitali molecolari di Aldeidi e chetoni in JSmol

Superfici ed orbitali molecolari di Aldeidi e chetoni in JSmol

Le strutture delle aldeidi e chetoni che qui esaminiamo sono tre: l’aldeide formica, la acetaldeide, l’acetone e la Benzaldedide. I files con gli orbitali molecolari e le superfici molecolari usati sono lavori originali del sito ChemMagic. Di queste quattro molecolesaranno visualizzate le superfici elettrostatiche MEP […]

Struttura terziaria delle proteine: i Domini

Struttura terziaria delle proteine: i Domini

In questo articolo mostriamo alcuni tipi di domini e le proteine dove sono presenti. Essi formano la struttura terziaria che può essere composta da uno o più di essi. Nel primo esempio troviamo il monomero dell’enzima allosterico della piruvato chinasi del muscolo del gatto.

Strutture secondarie delle proteine: alfa eliche destrose in JSmol

Strutture secondarie delle proteine: alfa eliche destrose in JSmol

La struttura secondaria delle proteine è, come si è detto, la sua organizzazione locale in una sequenza di amminoacidi. La prima struttura analizzata è detta alfa elica, la struttura più presente nelle proteine, che si forma in seguito a dei parametri degli angoli di psi […]

Il doppio strato lipidico e Liposomi

Il doppio strato lipidico e Liposomi

Il Doppio strato lipidico (anche detto liposoma) si forma quando delle molecole anfipatiche a doppia catena( es. fosfolipidi) si trovano a contatto con l’acqua. La ragione fondamentale è, come già detto, di natura entropica. Il contatto tra code polari e l’acqua costringerebbe quest’ultima ad un […]