Disegna la tua molecola in 3D con JSME e Jsmol.
Puoi disegnare la tua molecola preferita e visualizzarla in Jsmol in 3D per esplorare la stereochimica dei centri stereogeni e dei doppi legami, per visualizzare mappe elettrostatiche, orbitali molecolari, lunghezze ed angoli di legame, angoli torsionali molto utili nello studio delle proteine.
Si possono misurare le lunghezze di legame ad idrogeno, dei legami di dipolo e le distanze di Van Der Walls della tua molecola, come anche misurare il dipolo elettrico permanente della molecola.
Mediante il menù si possono disegnare le mappe molecolari e le mappe elettrostatiche per molecole semplici o complesse, oppure per selezioni di gruppi di atomi.
Nel campo delle proteine Jsmol ci permette di individuare le caratteristiche fondamentali deile strutture secondarie, vale a dire le alfa eliche, le strutture a foglietto o beta a pieghe, la random coil.
Le molecole semplici possono essere disegnate in 2D mediante JSME ed importate in Jsmol che le visualizza in 3D, ma anche essere importate di database impostando il rispettivo nome in inglese. Di questa struttura si può fare la minimizzazione secondo le forze di tipo meccanico e ricavare le mappe elettrostatiche molto utili per capire le interazioni durante i meccanismi.
Della tua molecola disegnata o importata si può anche analizzare la stereochimica ricavando gli indicatori e la regola di CIP usata.
Pagina originale di Bob Hanson del St Olaf College of Chemistry.
