L’effetto mesomerico o la risonanza è uno dei comuni strumenti di discussione e di comprensione in Chimica Organica di strutture complesse, in sistemi che contengono legami Pgreca. Per una sua comprensione si rimanda ad un ottimo sito, Chimica Organica Virtuale, mentre qui esaminiamo gli aspetti orbitalici di alcune strutture in… Read More »Effetto Mesomerico e risonanza in JSmol
Mentre in un post precedente abbiamo descritto la struttura degli alcheni, con riguardo particolare all’etilene, al butene ed al butadiene ora esamineremo la bromurazione, uno dei meccanismi di reazione tipici degli alcheni: l’addizione di Bromo al doppio legame facendone vedere il meccansimo proposto e discutendo brevemente la diposzione degli orbitali… Read More »ALCHENI: Bromurazione del doppio legame in JSmol
Qui di seguito vedremo la struttura di alcune molecole energetiche fondamentali in biochimica.
Sono fondamentali sia nel processo catabolico, cioè sia per ricavare energia sotto varie forme da molecolle complesse, che nel processo anabolico quando invece l’energia di tipo chimico è necessaria per costruire le macromolecole della vita.
Queste molecole energetiche biochimiche importanti sono: ATP, AcetiCoeA, acido piruvico, la coppia NAD+/NADH, e la coppia NaDPH/ NaDP.
In un articolo precedente in questo blog abbiamo esaminato la struttura del glucosio nei vari stereoisomeri (forma lineare, anomero alfa e anomero beta), oltre ad alcuni enzimi fondamentali per la glicolisi, il ciclo di Krebs e nelle fermentazioni
Sono anche presenti i cicli della GLICOLISI, del CICLO DI KREBS come pagine separate dove è evidente la funzione di queste molecole energetiche. Read More »La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol
Tra le reazioni importanti sia delle aldeide e chetoni come dei derivati degli acidi c’è quella della formazione dello ione enolato in ambiente basico, importante sia a scopo sintetico che a scopo strutturale. Proprio la formazione dello ione enolato apre le porte a reazioni caratteristiche delle aldeidi e dei chetoni,… Read More »La Tautomeria cheto enolica: lo ione enolato JSMol
Presentiamo qui il quadro degli orbitali molecolari costruito in Jsmol per le molecole di Azoto Ossigeno, con relative superfici elettrostatiche molecolari. La corrispondente parte teorica degli O.M. la potete esaminare alla sezione teorica Dal quadro energetico degli orbitali molecolari si deduce il comportamento chimico di questi due importanti gas così… Read More »Azoto e Ossigeno: orbitali molecolari (JSmol)
L’enzima DNA Polimerasi è un enzima che ha un ruolo chiave nella replicazione del DNA, nel duplicare l’informazione genetica presente nel doppio filamento. Il processo della replicazione del DNA varia in modo notevole per complessità tra cellule procariote ed eucariote, ma ha in comune il fatto che il doppio filamento… Read More »La struttura della DNA Polimerasi in JSMol
Le strutture delle aldeidi e chetoni che qui esaminiamo sono tre: l’aldeide formica, la acetaldeide, l’acetone e la Benzaldedide. I files con gli orbitali molecolari e le superfici molecolari usati sono lavori originali del sito ChemMagic. Di queste quattro molecolesaranno visualizzate le superfici elettrostatiche MEP sulla superficie di Van Der… Read More »Superfici ed orbitali molecolari di Aldeidi e chetoni in JSmol
In questo articolo mostriamo alcuni tipi di domini e le proteine dove sono presenti.
Essi formano la struttura terziaria che può essere composta da uno o più di essi. Nel primo esempio troviamo il monomero dell’enzima allosterico della piruvato chinasi del muscolo del gatto.
I domini di una proteina sono regioni di una catena polipeptidica che si autostabilizzano e si organizzano in modo indipendente dal resto della proteina. Ognuno dei domini forma una struttura tridimensionale organizzata compatta.
Le proteine sono in genere composte da più domini ed ognuno di loro può comparire in differenti proteine e diventano dei blocchi costitutivi che possono essere ricombinati in vari arrangiamenti per creare proteine con funzioni differenti.
La lunghezza della catena di amminoacidi di un dominio può variare da 50 a 250 amminoacidi e pò avere ioni metallici o ponti a disolfuro per stabilizzarlo, mentre i dommini più grandi sono spesso stabilizzati da core idrofobici.
Formano spesso unità funzionali che possono essere assemblati mediante l’ingegneria genetica a formare nuove proteine dette chimeriche.
L’organizzazione spontanea della catena peptidica è dovuta al fatto che la conformazione nativa si trova ad un minimo globale della sua energia libera.
Una catena peptidica talvolta origina un singolo dominio e talvolta più domini. La mioglobina è per esempio una catena singola a dominio singolo. Le molecole degli anticorpi come la IgG è formata da quattro catene che si organizzano per formare sei domini.
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