Qui è visualizzata la citrato sintasi estratta dal Thermus Thermophilus, a cui sono legati l’acido citrico e il Coenzima A che sono i primi prodotti del ciclo di Krebs.
La citrato sintasi, che appartiene alla classe delle LIASI, si trova nelle cellule sotto forma di omodimero, cioè di un dimero di due catene identiche di amminoacidi, che sono composte quasi esclusivamente da catene di Alfa eliche.
Quando questo enzima si trova nello stato di enzima libero si trova in una forma APERTA di omodimero ed i due domini formano una fenditura che contiene il SITO ATTIVO che ospiterà la molecola di ossalacetato.
Nel momento in cui l’ossalacetato si lega all’enzima il dominio più piccolo ruota e chiude il sito attivo dell’ossalacetato con un cambiamento conformazionale che impedisce al solvente acqua di legare il substrato e che genera anche il sito di legame del AcetilCoeA.
Questa presenza di una forma aperta ed una chiusa comporta che la citrato sintasi avrà un meccanismo cinetico sequenziale ordinato. L’animazione tra le due conformazioni aperta e chiusa la si può vedere su Proteopedia
L’acido citrico si forma per azione dell’acetilcoenzima A che è entrato carbonile sull’acido ossalacetico.
L’energia libera standard (ΔG°’) della reazione è di -31.5kJ/mol, un valore molto negativo ad indicare che funziona lontano dalla condizione di equilibrio sotto le condizioni fisiologiche, e quindi sarà un enzima determinante nel ciclo.
Forse i più importanti regolatori della reazione sono i suoi substrati che sono entrambi presenti nel mitocondrio a concentrazioni sotto il livello di saturazione dell’enzima.
Lo schema della reazione è il seguente
Il flusso metabolico è controllato dalla facilità di trovare il substrato e quindi mediante il controllo dei livelli di AcetilcoeA e ossalacetato nel mitocondrio si controlla la velocità di reazione. Inoltre l’enzima è inibito da NADH, citrato e succinilcoenA (inibizione da feedback competitivo).
I substrati che portano all’acido citrico sono ed , mentre i prodotti che si formano sono ed e
L’enzima che catalizza la reazione è la citrato sintasi sotto forma di monomero in cui non sono presenti substrati o prodotti.
Questa invece è il dimero della citrato sintasi a cui è legata una molecola di .
Sito attivo
Qui ora possiamo visualizzare gli amminoacidi che rappresentano il . Nel sito attivo è presente il reagente del
Per visualizzare la cavità dei leganti si clicchi
Lavoro originale su Proteopedia
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