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L’enzima Citrato Sintasi con sito catalitico in JSmol

citrato sintetasiQui è visualizzata la citrato sintetasi estratta dal Thermus Thermophilus, a cui sono legati l’acido citrico e il Coenzima A che sono i primi prodotti del ciclo di Krebs.
L’acido citrico si forma per azione dell’acetilcoenzima A che è entrato carbonile sull’acido ossalacetico.
L’energia libera standard (ΔG°’) della reazione è di -31.5kJ/mol, un valore molto negativo ad indicare che funziona lontano dalla condizione di equilibrio sotto le condizioni fisiologiche, e quindi sarà un enzima determinante nel ciclo.
Forse i più importanti regolatori della reazione sono i suoi substrati che sono entrambi presenti nel mitocondrio a concentrazioni sotto il livello di saturazione dell’enzima. Il flusso metabolico è controllato dalla facilità di trovare il substrato e quindio mediante il controllo dei livelli di AcetilcoeA e ossalacetato nel mitocondrio si controlla la velocità di reazione. Inoltre l’enzima è inibito da NADH, citrato e succinilcoenA (inibizione da feedback competitivo).
Lo schema della reazione è il seguente
citrato sintetasi

I substrati che portano all’acido citrico sono ed .
L’enzima che catalizza la reazione è . Qui sono legati gli ioni solfato di cristallizzazione. Nessun NADH o Coenzima A sono legati.
. Si notino le quattro subunità colorate secondo quattro colori differenti.

Questa invece è una singola. Ad essa è legata una molecola di . Qui ora possiamo visualizzare gli amminoacidi che rappresentano il . Nel sito attivo è presente il reagente del
Questa è invece il tetramero completo con i leganti.
Per visualizzare la cavità dei leganti si clicchi

Qui viene presentata nel suo funzionamento, tra la forma T, a cui è legato il citrato, e quella non attiva, la forma R dove sono entrati i substrati

Lavoro originale su Proteopedia
[CIT]

pinostriccoli

Docente di Chimica nell’ITIS Galilei di Altamura