La RNA polimerasi DNA Dipendente, RNAP, catalizza la trascrizione dell’informazione genetica di un filamento template di DNA nei vari RNA: RNA messaggero, t-RNA dei vari amminoacidi, RNA ribosomiale e del DNA Primasi.
Le RNA Polimerasi degli Eucarioti si dividono in RNAPI che trascrive RNA ribosomiale, RNAII che trascrive DNA e la maggior parte di snRNA e microRNA; e RNAIII che trascrive i tRNA e RNA ribosomiale 5S.
Qui presentiamo la RNA Polimerasi che è una multiproteina da 550 kDa composta da 12 sununità. Essa è responsabile per la sintesi del RNAmessaggero a partire dal filamento stampo del DNA da cui poi RNAMess si separerà.
Ci sono molti fattori di trascrizione che si legano prima del sito di inizio fondamentali per far legare la RNAP II al DNA.
La polimerasi trascrive l’informazione in un filamento singolo di RNA che è complementare al filamento di DNA e che poi entrerà nel ribosoma per compiere la sintesi proteica.
Nella struttura qui di seguito è mostrato il sito attivo della polimerasi nel processo di elongazione e le subunità del sito attivo dell’enzima che oltre a trascrivere il DNA deve anche separare i due filamenti e permettere poi la riformazione del doppio filamento di DNA.
Evidenziamo il filamento ibrido RNA/DNA –
Evidenziamo le tre maggiori subunità del sito attivo
Ci sono che sono fondamentali nella separazione del filamento ibrido RNA/DNA. Il LID in porpora agisce per spostare RNA dal DNA; il RUDDER interagisce con DNA per aiutarlo a prevenire la riunione dell’ibrido, mentre il FORKLOOP si estende lungo RNA per aiutare a restringere la regione di separazione del filamento. Di seguito mostriamo le varie parti nei colori CPK per capire quali forze sono in gioco, tenendo conto che i filamenti dell’ibrido sono caricati negativamente (scheletro di Fosfato).