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jmol

JSmol è l’applicazione Javascript OpenSouce del visualizzatore di molecole Jmol che richiede JAVA.

Gira come applicativo di HTML5 nei principali web browser come Firefox, Chrome, Opera, Safari, MSIE(9+), su Ipad e Iphone.

Permette di visualizzare molecole, orbitali e mappe molecolari, strutture di proteine, enzimmi e tanto altro ancora in vari formati permettendo anche una grande operabilità sulla molecola stessa.

E’ possibile visualizzare angoli e lunghezze di legami, angoli di torsione, operatori di simmetria

La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol

Qui di seguito vedremo la struttura di alcune molecole energetiche fondamentali in biochimica.

Sono fondamentali sia nel processo catabolico, cioè sia per ricavare energia sotto varie forme da molecolle complesse, che nel processo anabolico quando invece l’energia di tipo chimico è necessaria per costruire le macromolecole della vita.

Queste molecole energetiche biochimiche importanti sono: ATP, AcetiCoeA, acido piruvico, la coppia NAD+/NADH, e la coppia NaDPH/ NaDP.
molecole energetiche

In un articolo precedente in questo blog abbiamo esaminato la struttura del glucosio nei vari stereoisomeri (forma lineare, anomero alfa e anomero beta), oltre ad alcuni enzimi fondamentali per la glicolisi, il ciclo di Krebs e nelle fermentazioni

Sono anche presenti i cicli della GLICOLISI, del CICLO DI KREBS come pagine separate dove è evidente la funzione di queste molecole energetiche. Read More »La struttura di alcune molecole biochimiche fondamentali JSmol

nucleofilicità

Superfici e orbitali molecolari per reattivi di Grignard

reagenti di Grignard

I composti di Grignard fanno parte della classe di reagenti metallo organici.

I reattivi di Grignard derivano dalla reazione, in etere in ambiente anidro e privo di CO2, del Mg metallico con alogenuri alchilici, vinilici e arilici.

Questi reagenti sono molto utili per formare legami Carbonio Carbonio a partire da una grande varietà di composti e formarne altri più complessi.

Si preparano in genere in etere anidro, oppure in tetraidrofurano, privato di CO2 secondo uno schema di reazione qui riprodotto, a partire da Magnesio metallico da cui è stato eliminato l’ossido superficiale.Read More »Superfici e orbitali molecolari per reattivi di Grignard

Azoto e Ossigeno: orbitali molecolari (JSmol)

Presentiamo qui il quadro degli orbitali molecolari costruito in Jsmol per le molecole di Azoto Ossigeno, con relative superfici elettrostatiche molecolari. La corrispondente parte teorica degli O.M. la potete esaminare alla sezione teorica Dal quadro energetico degli orbitali molecolari si deduce il comportamento chimico di questi due importanti gas così… Read More »Azoto e Ossigeno: orbitali molecolari (JSmol)

alogenuri alchilici

Alogenuri alchilici: Struttura, mappe molecolari ed Orbitali (JSmol)

Gli alogenuri alchilici sono caratterizzati dall’avere un atomo di Alogeno (F, Cl, Br, I) legato ad un C ibridizzato SP3, mediante un legame covalente polare, dal momento che gli alogeni sono più elettronegativi del C, tranne forse l’I. Si ha così una differenza di distribuzione della nuvola elettronica sulla molecola,… Read More »Alogenuri alchilici: Struttura, mappe molecolari ed Orbitali (JSmol)

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