JSmol è l’applicazione Javascript OpenSouce del visualizzatore di molecole Jmol che richiede JAVA.
Gira come applicativo di HTML5 nei principali web browser come Firefox, Chrome, Opera, Safari, MSIE(9+), su Ipad e Iphone.
Permette di visualizzare molecole, orbitali e mappe molecolari, strutture di proteine, enzimmi e tanto altro ancora in vari formati permettendo anche una grande operabilità sulla molecola stessa.
E’ possibile visualizzare angoli e lunghezze di legami, angoli di torsione, operatori di simmetria
La fosfofruttochinasi è un enzima della glicolisi che catalizza il trasferimento di un gruppo fosfato dall’ATP al Fruttosio 6 Fosfato (F6P) a generare ADP e Fruttosio 1-6 di fosfato (FBP). La reazione è fortemente esoergonica sotto le condizioni fisiologiche e quindi è una degli stadi determinanti della velocità del percorso… Read More »Struttura della fosfofruttochinasi e ruolo nella glicolisi in JSmol
Le strutture che qui esaminiamo sono tre e sono relative agli acidi carbossilici e derivati: l’acido acetico, la formammide, l’acetato di etile. I files con gli orbitali molecolari sono lavori originali del sito ChemMagic. Di queste quattro molecole saranno visualizzate le superfici elettrostatiche, MEP, sulla superficie di Van Der Walls… Read More »Acetato di etile: orbitali molecolari e superfici molecolari in JSmol
L’acido ascorbico esiste in due forme enantiomere ma solo una di esse, l’enantiomero (5R)-5-[(1S)-1,2-diidrossietil]-3,4-diidrossifurano-2(5H)-one, è la vitamina C. È un composto molto idrosolubile, spiccatamente acido, che si presenta sotto forma di cristalli inodori ed insapori con pH circa 2,5 e rotazione ottica specifica di circa +20 gradi. La vitamina C… Read More »ISOMERIA OTTICA: Vitamina C in JSmol
Il mentolo fu scoperto più di duemila anni fa in Giappone, nonostante la menta piperita, da cui è ottenuto, venisse già usata nell’antichità come erba medicinale da Egizi, Greci e Romani. In Occidente, il mentolo non è stato isolato fino al 1771, per opera di Hieronymus David Gaubius. Il mentolo… Read More »Mentolo, isomeria ottica di odori e profumi
L’ Ibuprofene è un principio attivo della famiglia dei FANS (farmaci antinfiammatori non steroidei). Ha proprietà analgesica, antinfiammatoria e antipiretica. Questa classe di farmaci rappresenta la categoria di più largo impiego nel trattamento delle malattie reumatiche. Ibuprofene possiede attività farmacologica: azione antiinfiammatoria attraverso il blocco della sintesi delle prostaglandine; quali… Read More »Ibuprofene, un altra molecola dell’isomeria ottica
La chiralità, o isomeria ottica, è un esempio di stereoisomeria in cui uno stereoisomero è l’immagine speculare NON sovrapponibile dell’altro. Si definiscono perciòChirali due molecole o anche due oggetti che, pur essendo immagini speculari l’un dell’altro, non sono sovrapponibili. Si possono considerare le mani e notare come pur apparendo identiche… Read More »Un breve riepilogo sulla chiralità: enantiomeri e diasteroisomeri
Molti enzimi vengono sintetizzati in una loro forma inattiva chiamata Zimogeno dal quale viene poi liberato l’enzima vero e proprio quando esso deve operare. Esempi sono la tripsina, la chimotripsina e la elastasi che lavorano per spezzare le proteine durante la digestione. La tripsina lavora sui residui vicino alla lisina… Read More »Lo Zimogeno della chimotripsina in Jsmol
Il comportamento chimico del gruppo carbonilico presente in Aldeidi e Chetoni è quello di dare reazioni di addizione nucleofila acilica. L’addizione nucleofila acilica avviene secondo due differenti meccanismi: con nucleofili forti oppure con catalisi acida. Nel primo meccanismo si usano nucleofili energici come acetiluri, composti metallorganici o agenti riducenti forti,… Read More »ALDEIDI E CHETONI: addizione nucleofila acilica in JSmol
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